В 1861 г. скотовод по имени Джон Вард обвинил вождя апачей-чирикахуа, Кочиза, в налете на свое ранчо, краже скота и похищении детей. Несмотря на то, что обвинение было надуманным, он передал его в гарнизон Форта-Бакенен, который находился в сорока милях к югу от Таскона. Старший на форту, лейтенант Джордж Баском, взял отряд в 54 человека и отправился в Апачский Проход через горы Чирикахуа, сердце владений Кочиза. Баском остановился на почтовой станции Баттерфильд и послал Кочизу просьбу о встрече. 4 февраля 1861 г. тот, не подозревая неладного, пришел с семьей (братом, двумя племянниками, женой и двумя детьми) в палатку лейтенанта. Суд был коротким. Вождь уверял в своей невиновности, предположив, что налет совершили койотеро - апачи Белой Горы - и предложил содействие в поиске пленников. Но Баском, приказав своим людям окружить палатку, сказал Кочизу, что берет его под арест. Вождь выхватил нож, распорол стенку и бежал, а члены его семьи остались в заложниках.

Вскоре Кочиз во главе военного отряда вышел на Баттерфильдский тракт. Его воины не щадили мексиканцев, но американцев оставляли в живых и брали в плен. Он несколько раз пытался договориться с Баскомом, но безуспешно. Затем к нему присоединились койотеро и апачи-мимбреньо во главе с Мангасом Колорадо, приемным отцом Кочиза. Баском со своей стороны смог захватить еще трех пленников из племени Белой Горы. В конце концов при помощи двух рот драгун из Форта-Брекинридж апачей удалось вытеснить в Мексику. Но прежде чем уйти, индейцы казнили всех своих заложников; в отместку Баском приказал повесить всех захваченных мужчин, среди которых оказался брат Кочиза. В следующие два месяца апачи, исполняя обет кровной мести, предприняли серию вылазок из горных укрытий, уничтожив, по примерным подсчетам, 150 американцев и мексиканцев.

В это время началась Гражданская война, и к концу 1861 г. все форты в стране чирикахуа были оставлены: солдаты требовались на востоке. Чтобы восполнить образовавшийся вакуум и защитить пути в Калифорнию, губернатор Д. Дауни собрал две колонны волонтеров. Одну, под началом полковника П. Коннора отправил к юта, а другую, во главе с полковником (в скором будущем - генералом) Д. Карлтоном, - на юго-запад. Воины Мангаса и Кочиза решили заманить непрошеных гостей в ловушку и стали ждать у заброшенной почтовой станции в Апачском Проходе. 15 июля 1862 г. туда подошел авангард Карлтона во главе с капитаном Т. Робертсом; располагая двумя гаубицами и скорострельными винтовками, они отбили нападение индейцев. Рядовой стрелок Д. Тил в одиночку сдержал целый военный отряд, ранив Мангаса в грудь.

Апачи отступили. Товарищи раненого вождя отвезли его в пограничный мексиканский городок Жанос, где нашли врача и под дулом ружья заставили его сделать Мангасу операцию. А через десять дней к месту боя подошли основные силы Карлтона. Осознавая стратегическую важность Апачского Прохода, полковник распорядился начать строительство Форта-Боуи.

Через год, в сентябре, Карлтон сменил генерала Э. Кенби на посту главы департамента Нью-Мексико. Курировать южный регион департамента поставили генерала Дж. Уэста. Набеги апачей продолжались, и Уэст решил любой ценой избавиться от того, кого считал их главным вдохновителем, - Мангаса Колорадо. Он отправил одного из своих капитанов к вождю с просьбой о встрече, тот согласился (хотя и неохотно) и 17 января 1863 г. пришел в армейский лагерь у Пинос-Альтос. Там его сразу же схватили и отправили под стражей в Форт-Маклейн на р. Мимбрес. Нашлись свидетельства тому, что Уэст не скрывал желания «убрать» пленника. Той же ночью, по рассказу очевидца, двое часовых раскалили на костре штыки и приложили их к ногам спящего индейца. От боли он вскочил - и его изрешетили пулями. Уэст лично руководил расследованием этого инцидента и полностью оправдал убийц, заявив, что Мангас пытался бежать.

В то же время на востоке апачи-мескалеро вели свою собственную войну с американцами, тревожа сообщение по пути Эль-Пасо - Таскон. Желая положить этому конец, Карлтон направил против них экспедицию во главе с Китом Карсоном - бывшим торговцем, разведчиком, индейским агентом, а затем солдатом северян. В начале 1863 г. Карсон пошел в контрнаступление от Форта-Стентон (на юго-востоке Нью-Мексико). В одной из стычек группа лейтенанта У. Грейдона расправилась с двумя вождями мескалеро. К концу весны Карсон так измотал индейцев, что они сдались и поселились в резервации у Форта-Самнер в долине р. Пекос. Ее стали называть «Боск Редондо» («Деревья, стоящие кругом»), из-за маленькой рощицы хлопковых деревьев посреди пустыни. Скоро туда же прибыли военнопленные, которых Карсон захватил в войне с навахо.

Через десять лет после «дела Баскома» апачи получили новый повод ненавидеть белых поселенцев. Группа апачей-аравайпа вождя Эскиминзина (их еще называли западными апачами), ничего не желая кроме мира, переселилась в Кэмп-Грант - военный пост в пустыне севернее Таскона (современная Аризона; в 1863 г. Аризона была выделена из Нью-Мексико в самостоятельную территорию). Все свое оружие индейцы сдали лейтенанту Р. Уитмену. Однако для жителей Таскона хороши были только мертвые апачи, мирные или нет, и они собрали «отряд самообороны» в полторы сотни американцев, мексиканцев и наемников из племени папаго. Утром 30 апреля 1871 г. они подобрались к спящему лагерю аравайпа и вырезали его почти целиком (там было около сотни человек - по разным подсчетам, от 86 до 150). Уцелевших женщин изнасиловали, а детей забрали в рабство.

То, что случилось, шло вразрез с официальной правительственной линией: президент У. Грант в свое время пообещал нации, что после Гражданской войны кровопролития больше не будет. Поэтому в Аризону была отправлена «миссия мира» во главе с генералом О. Говардом. В числе задач миссии значилась разработка системы резерваций для апачей. План Говарда предусматривал основание пяти агентств - четырех в Аризоне и одной в Нью-Мексико. В систему вовлекалось большое количество апачских родов, часть которых согласилась перейти под опеку правительства в обмен на регулярные поставки продовольствия и припасов.

Между тем общественное мнение осталось недовольно тем, что наиболее непримиримые группы апачей продолжали скрываться в горах, время от времени спускаясь за добычей. В результате была организована военная кампания в бассейне Тонто (центральная Аризона), где скрывались налетчики. Руководил ей недавно прибывший сюда генерал Д. Крук, ветеран войн с индейцами в Айдахо и Орегоне.